五明佛学院的“内明”课程，以教授密宗为主。在分为宁玛派、格鲁派、萨迦派、噶举派等诸多教派的藏地密宗体系中，又以传授宁玛派的教理教义为主。
“宁玛”，是藏语的音译，意为古、旧。从字面亦不难猜测出，这一派是藏地密宗中的“旧”派。
据史料记载，公元七世纪，少年嗣位而心怀雄才大略的藏王松赞干布（617－？），先后迎娶尼泊尔赤尊公主和大唐文成公主入藏，这两位公主分别带去了释迦牟尼佛的八岁身量像和十二岁身量像。松赞干布修筑了大昭寺、小昭寺等十几所寺庙，并派人去印度学习佛法。经他力倡，佛教从此在藏地得到了广泛的传播。
一百多年后，松赞干布的曾孙赤松德赞（742－797）登上了吐番的王位。赤松德赞跟他的曾祖父一样热心提倡佛教，从印度请了著名的高僧菩提萨埵（又称寂护、静命大堪布）来藏地宣说佛法。不料藏王此举得罪了藏地的天神与罗刹，当地出现了多种恶兆：红山顶上的宫殿遭到雷击，雅隆的傍塘宫遭受水淹，建设中的寺庙白天彻起围墙一到夜里便自动倒塌……
菩提萨埵遂向藏王建议，只有把印度的莲花生大师请来，才能降伏这些鬼神。他自己则暂去了尼泊尔。赤松德赞就派出使者带着一升金砂和一只金蚌，去印度拜见莲花生大师，把他恭恭敬敬地请到藏地来。前来吐番的路上，莲花生大师在巴毛巴唐等地方，受到以吐番十二丹玛神为首的许许多多妖魔鬼怪的阻截，但都被他以大神力一一降伏，有些山神还被他册封为佛教的护法神。曾在吐番兴风作浪的一切灾害都自动止息了。暂去尼泊尔的菩提萨埵也被请了回来。
莲花生大师在吐番传授了佛教密宗，由此使密宗在藏地扎下了坚实的根基。大师又和菩提萨埵一起帮助藏王建造了规模宏伟的桑耶寺，整整用了五年时间方完工，全寺共有佛堂三十座、佛塔一千零八十座。桑耶寺建成后，剃度巴赤色等七名藏人出了家。这七名藏地最早的出家人，史称“七觉士”，从此藏地才有了正式的喇嘛僧团。在莲花生大师主持下，还培养出以毗若札那为首的一百零八名译经师，翻译了大量佛教显密经文。为使今后佛教事业不致因外教魔道的一时得逞而中断，莲花生大师在行将离开藏地时又以神通在当地埋下了许许多多“伏藏”（埋藏于地下、水下、山里、空中等处的佛像、经书、法器、财宝等等），并预言今后一万年里将逐渐被佛法大成就者发掘出来。
在据称是十四世纪被伏藏师雅尔杰·尔金林巴从雅尔隆莲花堡垒山发掘出来的《莲花生大师本生传》这本书里，详细记载了莲花生大师如何在吐番国埋伏藏以及今后将如何被一代代伏藏师取出来。书中说：
每个伏藏圆满具五种
伏藏的种子不曾搞错
祖宗藏公子藏孙子藏再次藏
每藏又分十八种
十八藏里每一藏
五种圆满都具备
有伏藏师的密号
埋伏藏的密号
伏藏秘密号
伏藏深奥密号
守护伏藏密号
伏藏师有圆满密号
九大功德优于普通人
一大氏族必为王族或贵族
二大身具吉祥好
三大各种知识都精通
四大精通密宗
五大明了名词和术语
六大修行觉悟高
七大勇敢能使人倾服
八大善于反驳他人之恶言
九大能记法与非法之区别
能忍且能调伏自己心
…………
第五世达赖喇嘛亲自为这本书写了校后记，高度颂扬这本传记说：
怙主传记数不清
镜影明亮不混同
唯有佛陀智慧明
变一刹那为一劫
变一劫为一刹那
每个众生的面前
均都显示一传记
…………
三时所积一切德
使莲花生的事业遍雪域
众生幸福而美满
身口心一致为木刻
并且藏阅此传记
将来千世与万代
斗争敌魔得胜利
寿福更俟毗沙门
愚昧污垢渐清除
世世可闻大师之语音
…………
九十年代初期，由青海出版的厚达七百多页的《莲花生大师本生传》汉译本跟汉地读者见了面。
自莲花生大师在藏地传播了佛教密宗以来，随着时间的推移，茫茫雪域高原上，密宗渐渐分化演变成有同有异的若干教派。
萨迦派。藏语“萨迦”意为“白土”，因该派主寺为建在后藏一片灰白色土质上的“萨迦寺”而得名。该派创始人为十一世纪时的藏地高僧昆·贡却嘉布，其教法推崇“道果”，对血统和法统的传承都比较重视。因萨迦寺围墙上涂有红白蓝三色花纹，故此派又被称为“花教”。该派中被称为“萨迦五祖”中第五祖的八思巴，曾在元朝忽必烈时期当过朝廷的国师与帝师。
嘎当派。此派奉十一世纪由印度来藏地的阿底峡尊者为始祖，在修持次第上主张先显后密。嘎当，意为按佛的教导教授，故这一派对佛教经典较为重视。十五世纪格鲁派兴起后，嘎当派渐被格鲁派同化吞并，本派逐渐湮没无闻。
噶举派。噶举，意为口传，因此派僧人多穿白色僧裙，故俗称“白教”。创始人为十一世纪的佛学大师玛尔巴，而该派僧人中最具传奇色彩的，是藏地民众中妇孺皆知的米勒日巴，一本描写他的生平故事的《米勒日巴传》，几百年来在藏地广为流传，经久不衰，近年有该书汉译本问世，得到许多汉地读者的喜爱。
格鲁派。是十五世纪经宗喀巴大师宗教改革后兴盛起来的一个教派，格鲁，藏语意为善戒律，因宗喀巴强调恪守戒律而得名。由于此派僧人戴黄色僧帽，故又称为黄教。自宗喀巴的两个大弟子成为达赖与班禅活佛转世系统的第一世，尤其从五世达赖喇嘛扩建并驻锡布达拉宫以来，格鲁派在藏地成为影响最大的派别。
觉囊派。觉囊是地名，全名觉摩囊，在西藏拉孜县境内一座山沟里，十三世纪时大修行者更蚌·图吉宗哲在此创建了觉摩囊寺，推崇《时轮金刚》的传承和教法，在见地上以“他空见”为主要特征，重视实修实证，由此形成的教派称为觉囊派。更钦·笃布巴和多罗那他为该教派中最出名的人物。
此外，还有夏鲁派、息结派、觉宇派等一些影响较小的教派。
宁玛派跟上述各派的不同之处，主要在于该派直奉最早将佛教密宗传入藏地的莲花生大师为鼻祖。这一派的教义教规，也比较严格地依莲花生大师来藏地后传授的密法密咒及后来陆续发掘出的“伏藏”为蓝本。因此，这一派被当之无愧地称为“宁玛派”，也就是不折不扣的“旧”派、传统派。由于这一派的僧人穿红色僧袍、戴红色僧帽，所以又俗称“红教”。
当年莲花生大师入藏，从印度带来不少显密经论。他和菩提萨埵为吐番培养了一批翻译人才后，其中一些藏族译经师去印度进修深造，又带回许多佛教经书。在桑耶寺，毗若札那等译经师根据梵文译出的大量佛经，成为莲花生大师留给藏地的最宝贵的佛学财富。留存在桑耶寺里的这些佛典，也就成了宁玛派的至高无上的圭臬。据记载，当年译经，光是密宗经典就不下几百部之多，如《积宝顶》、《五咒续》、《神续长咒》、《密总汇续》、《灌顶王续》、《文殊密》、《莲花网不空绢索续》、《莲花宝冠续》、《金刚愤怒乐》、《光辉度母续》、《黑阎罗续》、《生起次第摩诃瑜伽》、《马面本尊续》、《魔女十万精》、《密门注解经》等，洋洋洒洒，举不胜举，其中大圆满法的译经，就有本续五部、支续七部、心部十八部。
莲花生大师在藏地弘法，播下佛教密宗的种子，至今已有一千二百余年。十二个世纪以来，汉地发生的变化翻天覆地，佛法的传承早已进入佛祖在世时就已预言到的“末法时代”。而在雪域高原，除了唐会昌二年（842）藏王朗达玛发起的毁佛运动，以及本世纪五十至七十年代藏传佛教曾一度严重受挫，其几乎是与世隔绝的地理状况和长期稳定不变的社会结构，以及藏地民众对佛法千年不衰的坚定信仰，使得佛教密宗在这块神奇的土地上相当完整地传承下来，这不能不说是佛教发展史上的一个奇迹。
尤令人惊奇感奋的是，当年莲花生大师离开吐番之前，已在他作的《甚明幻镜》里，对宁玛派高僧大德将在千年后的藏地弘法利生，作了明确的预言：
金刚降魔之化身，
将在康区新龙处，
河右三顶雪山前，
龙寿有缘持戒者，
名为列绕朗巴尊，
其修无上大密道，
彼能掘出多伏藏，
若具自成善缘起，
消灾弘扬二次第，
藏主寿有八十一，
七徒妙得菩提果，
得中悉地一百五，
得缘众生四千五。
…………
其后下康处，
名号为啊字，
持藏生鸡年，
住法三千年，
殊胜成就九百尊，
随行瑜伽六千名，
结缘众生七万个，
大德寿为八十六。
后为卫藏名为华，
年虎寿为三十三，
正法住世二百年，
三名弟子得成就，
结缘一千四十八。
…………
莲花生大师在这里所说的列绕朗巴，不是别人，正是晋美彭措的前一世、被称为自在极多深藏之化身的大掘藏师，这已被藏地许多人所共知的事实所证实。而列绕朗巴的转世，在下康鸡年出生、名为啊字的大德，不是别人，也正是当代不负重望的伏藏发掘师宁玛派如意宝晋美彭措大法王！这同样已被一系列事实所证实，而且人们相信《甚明幻境》中的预言将继续被事实所证实。
勿容置疑，度过了五十至七十年代的非常时期以后，宁玛派生机勃发，后继有人，如意宝大法王晋美彭措就是宁玛派二十世纪九十年代当之无愧的传人。且看五明佛学院山坡上那层层叠叠密密麻麻的小木屋，那从全国各地不远千里万里赶到这儿来的当代求密者，不管谁都不得不承认：宁玛发扬光大，红教振兴有日。